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艾尔行星，方舟神殿。星灵的诺亚方舟，亚顿之矛就在这里静静的沉睡着，作为星灵帝国辉煌文明成就的象征，亚顿之矛代表的是星灵帝国时期，星灵整体的最高科技实力。
然而，随着达乌律法体系的实施，星灵众星之战的结束，庞大的星灵帝国分崩离析，形成了艾尔卡莱姆星灵、沙库拉斯奈拉齐姆星灵、斯雷恩塔达利姆星灵、艾迪昂净化者星灵四大星灵派系，这四大星灵派系彼此互相看不顺眼，在帝国崩溃之后，就陷入了长久的内乱之中，一直到了虫群的崛起。
虫群主宰挥师进攻科普卢星区，在他的征战之中，星灵和异虫进行了数次激烈的交锋，当时的艾尔最高议会认为异虫非常的可怕，它们的掠夺性会侵蚀一切智慧生物，为了让这些异虫失去威胁科普卢星区生物文明的能力，最高议会在阿尔达瑞斯的提议下，通过了由圣堂武士塔萨达率领星灵舰队清剿星区内异虫势力的决议，星灵和异虫拉开了一场旷日持久的战争。
在征战之中，塔萨达遇到了奈拉齐姆星灵，塔萨达与最高议会那些迂腐的星灵执政官们不同，他与圣者亚顿一样，主张对同胞的仁慈和宽容，在奈拉齐姆的重要人物，黑暗教长泽拉图的帮助下，塔萨达率领舰队躲过了一次异虫的伏击战，之后，他们又遇到了人类，一名优秀的人类指挥官，吉姆·雷诺进入了他们的视线，以往在他们看来弱小不堪的人类，此时也逐渐变得形象高大上起来。
然而，在一次刺杀脑虫的行动之中，主宰通过脑虫被刺杀的一瞬间，接通了泽拉图的心智，发现了艾尔和沙库拉斯的位置，于是主宰在苏醒之后，果断命令虫群挥军进攻艾尔，艾尔的灾难在那一天到来了。
虫群大举进攻艾尔，而艾尔的英雄，塔萨达却被最高议会以“私通异端”的罪名被押往艾尔，雷诺和泽拉图突袭了阿尔达瑞斯的部队，救出了塔萨达，众人随后便收到了艾尔沦陷的消息，主宰摧毁了紧急起飞的两艘星灵方舟，而亚顿之矛因为动力系统出了一点故障，因此无法及时发射，从而躲过了一劫。
后来，塔萨达等人率军回到艾尔，塔萨达引导了两种能量与主宰同归于尽，艾尔便一直就这么荒废了下来，因为失去了主宰的控制，大量的虫巢变成了野生虫巢，虽然凯瑞甘作为刀锋女皇不断的将虫巢收入囊中，但是还是有许许多多的脑虫率领着虫巢溜之大吉，这一状况在脑虫查斯特发出预警信号之后变得更加频繁。
如今，艾尔，在这颗饱受摧残的行星上，星灵不得不又一次背井离乡，他们满载着希望而来，又带着暂时失败的失落而去，乘坐着最后一艘方舟，带领着最后一批幸存的达拉姆族人，离开他们的母星。
存放着亚顿之矛的神殿之中，阿塔尼斯看着发射井露出的硕大的亚顿之矛的舰首尖头，光是那一个尖头，就超过了星灵舰队中的航母体积，这艘长达76公里的方舟巨舰仅仅只是一个裸露在外面的一个小小的部件，就已经带给了众人足够的震撼感。
“凯拉克斯，你有信心重新开动这艘属于星灵科技荣耀的象征，重新带领族人们走向辉煌吗？”
阿塔尼斯努力压制着自己看到亚顿之矛舰首的激动之情，但是他也知道，能够开动这艘亚顿之矛的是那些卡莱工匠们，他们是星灵科技领域的排头兵，也是科技树的重要一环，换句话来说，能否逃离艾尔，重新组建星灵达拉姆，他需要大量的幸存的卡莱工匠们。
而在泽拉图等奈拉齐姆星灵们的帮助下，他们已经汇聚了大量的幸存的达拉姆星灵族人们，并且将他们带往亚顿之矛神殿。
不仅是星灵这边在行动，埃蒙同样也注意到了阿塔尼斯等人的行动，为了阻止他们通过亚顿之矛逃离艾尔，埃蒙便将他刚刚控制住的黄金舰队派遣了过来阻击阿塔尼斯等人。
“凯拉克斯，你带领工匠们进入亚顿之矛内，立刻启动亚顿之矛，我带领圣堂武士们在神殿布置防线，坚持到亚顿之矛启动！”
凯拉克斯果断的接受了命令：“遵命！大主教。不过，在启动之前，我想我们必须要将神殿内的几处被感染覆盖的启动电池组给净化掉，不然我们没有办法顺利的启动亚顿之矛！”
“我来想办法，凯拉克斯，你们的任务是努力运转亚顿之矛，直到亚顿之矛可以顺利启动！我会和教长一同带领圣堂武士们坚守住防线，并且净化掉启动电池组的！”
埃蒙控制着赛兰迪斯站在神殿的外面嘲讽道：“阿塔尼斯，星灵的大主教，你为什么要逃避你们的救世主？我是你们的神，你们必须要服从，听命于我！”
“赛兰迪斯已经被控制了。”
阿塔尼斯没理会埃蒙的嘲讽：“教长，防守亚顿之矛的中央地带，就靠你们了！我会带领圣堂武士们前去清除被感染的电池组，确保他们重新被激活的。”
泽拉图向阿塔尼斯躬身行了一礼，便带着一群圣堂武士们向着神殿的中央地带而去。
阿塔尼斯亮出了双臂的光刃，此时他们已经没有了卡拉，阿塔尼斯于是大声的喊道：“同胞们，跟我一起去净化掉那些亵渎我们神殿的异虫！将这些来自虚空的怪物消灭掉！为了星灵的未来！”
“EnTaroTassadar！”
亚顿之矛的启动攻防战开打，在面临着全族生死存亡之际，星灵们爆发出了令人意想不到的能量，防线死战不退，攻击集团攻势凶狠，一边是坚决防守亚顿之矛，一边则是突击清除被感染的电池组，星灵的圣堂武士们展现出了令人惊叹的战斗力，埃蒙派去阻击阿塔尼斯和泽拉图的部队都被打了回来，而在埃蒙控制住黄金舰队之后，以为艾尔大局已定，就将黄金舰队调往了科普卢星区的其他地区执行毁灭任务，结果在艾尔，能够遏止住阿塔尼斯等幸存星灵的兵力数量并不多，大多数都是被控制的异虫在承担主要的作战任务。
在艾尔这边因为亚顿之矛进行惨烈的攻防的时候，克哈的战事也变得对泰伦共和国不利起来，大量的莫比斯军团的舰艇涌入了克哈星域，并且登陆了克哈地表，游骑兵和泰伦共和国卫队甚至在克哈地表给平民发放武器来增加自己的地面战力，但是奥古斯特格勒仍然被攻陷，共和国卫队与莫比斯军团进入了克哈的城市巷战状态，本来在之前虫群肆虐过后的未经重建的奥古斯特格勒，再一次迎来了可怕的灾难。