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很快新成立的村子的村长也经过选举产生了，原本凉太郎的声望最高，但由于凉太郎要出外游历，所以不参加选举。最终山崎雄介以二百八十五票最高票数当选为忍村的影。大野武得到部分人体实验品的拥护，所以得票也不低，为一百一十三票，而竹中明绘得到自己的武士的拥护和部分守卫武士的拥护，得了二百一十二票，其余则是一些零星的票数。至于新成立村子并不称为忍村，因为这个新村子的组成为忍者、武士和僧侣，并非传统意义上的忍者村，它的名字就叫炎流村，但村长仍称为火影。于是乎，第一代火影山崎雄介正式上任。
炎流岛海域的地貌炎流和海兽只能困住大部队，但是一些精英级别的就无法困住了，所以为了防御奸细的混入，山崎雄介做了一件惊世骇俗的事。他用木遁凭空在炎流岛的外围制造了一片森林。这片森林如围墙一般将炎流岛围起来。
这片森林的奇异之处有三：一是它的布局之复杂堪比现代北京西直门立交桥，若是不熟悉道路的外来者，会被困在其中转圈；二是其中有许多能释放迷雾和毒物的植物，若无特效解药进出则会中毒；三是因为这片森林与山崎雄介有着密不可分的联系，若是有人闯入，则会引起山崎雄介的警觉。
在制度方面，为了防止火影利用职权谋私利，所以火影的任期为五年，五年后需再选，火影可以连任，但最多连任一次。而在日常工作中，火影的工作受到忍者代表、武士代表、僧侣代表和平民代表共七名委员的监督，这些委员分别是：凉太郎（以新的六号分身代替执行）、竹中明绘（不在期间则以今田永子来代替）、大野武、慧明、川岛和马以及两名平民代表三桥拓海和田村贤太。
任何不受监督的权利最终都会失控，发展为个人的私欲。任何只靠自我道德修养，自我监督，自我评价来约束权力的方法都是天大的笑话，所以用委员会的制度来限制火影的权利是非常有必要的。火影村不会将一个村子的希望建立在火影自己守规矩的基础上。在这里，若是委员会七人全体通过，可以直接罢免火影；若是有五人以上认为火影不称职，也可以提请全村重新选举火影。
原本平民是没有权利进入委员会的。但是凉太郎力排众议给平民安排了两个名额。原因无他，平民的数量最多，但若是在委员会中没有平民代表的存在，谁来代表平民的利益。只有自己才能代表自己的利益，指望着别人代表自己还能维护自己的利益，那是傻缺才会相信的事。在战火连连的乱世，平民所受的苦难最多，也最冤枉。因为争夺的利益和领土都与平民无关，但是战火波及最深重的却是平民。原因只有一个，那就在决策层中没有人代表平民的利益。各国的大名和影，说出兵就出兵，说收多少税就收多少税，问过平民们愿意吗？
而炎流村的安保问题则交由大野武和川岛和马组成的忍者与武士混组的警备部。忍者长于刺探，所以在保卫工作上，不能少了忍者的参与，但武士的群战实力较高，所以也必须参加。山崎雄介这么安排也是为了促进忍者与武士的合作，消除他们之间的隔阂。在火影中，宇智波的叛乱很大一部分程度上是初代火影对宇智波一族的放任自流造成的。火影村的警备部成为了宇智波一族私人权力机构，把一村的防御警戒工作单独的交给一个族来掌控，这是很危险的，同时也让宇智波一族一直不能充分的融合到村子中去，与村中其他忍者一直保持着界线。所以如果是还按照一族一族的来划分权利机构，最终必然要出事的。
而慧仁、渡边睛子、浅井敦则是建立了火影医院。浅井敦在经历过这段劫数以后，为了避免成为叛逆，只能选择了加入炎流岛成为了医院的院长，随同他加入的还有部分幸存的医疗研究者。而竹中美奈子作为非常有潜力的新人以实习医生的身份学习医疗忍术。慧仁虽然作为人柱力，但因为医术高明且佛法精深，所以很受村民爱戴。
慧滨、凉太郎的四号分身则是带领着几个幸存的研究者进行忍术研究。但是按照火影村的规则，禁止一切非人为意愿的人体实验。任何违背伦理的研究、违背受试者意愿的研究都不允许进行。
凉太郎更是成立了一个图书馆，收罗了各种忍术，按照忍术的实用性和威力，划分成了不同等级，然后用图书馆的忍术对外开放。D级忍术可以任意阅览，C级以上则是要根据各人的贡献积分值来换取的。而贡献积分值则是根据各人执行的任务，为村里所做的贡献来评价的。当然，给钱也是可以买到A级以下忍术的。还有若是自己有相当水平的体术和忍术也可以拿来交换。比如你有一个B级忍术是图书馆中没有的，那么你就可以用这个忍术兑换一个图书馆中的B级忍术，包学包会，若是学不会就教到你会为止，服务热情周到。
山崎雄介以校长的身份成立了火影学校，但是在火影学校中并非只教授战斗技巧，还有很多的科学人文常识，而凉太郎五号、慧明、今田永子等则成为了学校的常任教师，至于大野武、渡边睛子等则作为客座讲师时常来此进行讲课。至于慧滨嘛，还是算了吧，他要是当教师估计会使得村中未婚先孕的学生妹激增的。
新火影学校的培训分为初级班、中级班、高级班和成人班。初级班并不是纯以教授战斗技巧为目的，六到十岁的儿童参加，主要教的是辨认草药，认识自然，学文识字，学习礼仪、历史地理，学习机械原理、基础医学常识、锻炼身体、学习初级的忍术知识，学会基本的自救逃生手段和野外生存常识。这种初级班并不需要选拔，只要是炎流岛上居民的孩子都可以加入。宇智波翼作为了入学新生中最优秀者得到了山崎雄介的青睐。
大野武曾经反对过这样温和的教授方法，认为应该将这些儿童编成一个童子团，平时做一些放哨侦察的工作，在战争中发挥作用。大野武还列举了在忍者兴盛时期各忍村中不乏八九岁的战斗天才的事例。但这种激进的想法受到大多数人的反对。把孩子拖入战争是多大的罪恶？若是需要孩子来参与战争，那还需要武士做什么？凉太郎虽然也是忍者，但对这种做法深恶痛绝。八九岁的战斗天才不是没有，但因此死去的儿童更多。让孩子上战场，但凡脑子正常一点的人都不敢拿这样的事来炫耀。
火影学校在初级班中是不分班的，而且不需要选拔。但到了中级班则是十一岁到十三岁的人员参加，需要分班和选拔。所学课程主要为体术、忍术、幻术、医术、灵术（阴阳术）、封印术、战略、傀儡操作等。其实体术具体还分为暗器、刀术、弓术等，忍术又分为雷、火、水、土、风等许多科目，但到因为学校初创，教师不够，所以也不能分得那么细。
经过一些基础培训后，到了十三岁以上且各科合格以后，就可以去高级班中选定导师。条件是导师愿意招收就行。高级班就有了很明显的职业划分，基本上就进入了战斗的准备了。
至于成人班则是面向成年平民或是武士、忍者的。若是有兴趣就可以报班学习技能。比如说你一个武士突然想学学忍术，可以！交钱就行。
至于，凉太郎的本体和一号二号分身则是踏上了去京都的道路。十余名僧人也肩负着超度人体傀儡的任务踏上了旅程。至于竹中明绘，非常要强的单独去京都查探自己父亲以及凉太郎母亲消息。
在离炎流岛约五十海里的一处海面，石野丽嘉乘坐在了一艘船上，周围是十余名忍者及数十名水手。石野丽嘉手中的小太刀中显现出了一张女人的脸，这个女人看上去约有二十多岁，但是石野丽嘉非常恭顺的跪坐在小太刀面前。这把小太刀中幻化出的女人对石野丽嘉说道：“你还在痛心？”
石野丽嘉拜伏于地说道：“弟子不敢。”
那女人木然的说道：“我也帮你去除了一个心魔，从今往后，想必那个男人会恨你入骨，你还是忘了他，好好修行幻术吧。作为一个优秀的幻术师，就不能在情感上有任何破绽，有情便是最大的破绽，所以斩断一切情感才能真正做到心志坚定。先有情而后才能无情，师傅很看重你，你不要让师傅失望。”
石野丽嘉点头道：“哈依！”
至此，新火影村成立了，凉太郎又踏上了新的旅程。秋本町能否复活？野中达子和赤丸为何会失踪？石野丽嘉究竟有什么苦衷？星源又去了哪里？长岛十兵卫能否得到武田将军的赦免？这一切，请看下卷《逃亡者之卷》。