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潜龙这次消失只是删除了最近这段一起旅行的记忆，而他们的记忆也就保存在潜龙消失后后来博士打电话说潜龙一切都好，只不过不知道他在那里。潜龙回到了大木研究所，现在离联盟开赛还有三个月。潜龙像利用这段时间好好对神奇宝贝整体做个调整，也就是这个想法勾勒了潜龙以前的一个想法，那就是把他们训练成有着军人般的素质。以前因为没有时间所以只能想想而已，但是现在不同了，还有三个月的时间足意把他们训练成一只有着超强战力的特种神奇宝贝。
光有想法还不行，但现在唯一棘手的问题就是场地了。潜龙随后去找博士说明了自己想法，结果出人意料的是博士竟然大力支持，并且说有什么需要尽管去找他，而且博士把研究所最隐秘的地段让出来让潜龙自由使用。
得到了大木博士的支持，潜龙说干就干。潜龙带着自己收复的所有神奇宝贝去了研究所最隐秘的地方，这里有山有水而且植被茂盛，而且就在不远处就是海边了。
潜龙首先要把那些特殊的神奇宝贝调出了，作为那些普通神奇宝贝的教官，然后那些教官再有时间的情况下也可以相互切磋。
当然这次训练的总教官就是超级神兽梦幻，副教官就是超级庞大的快龙，超古代的耿鬼和胡地作为他们的助手。
至于潜龙为什么没有将巨大毒刺水母安排职位，而是让其和那些普通神奇宝贝一起训练，原因只有一个。那就是超级巨大毒刺水母并不是超古代神奇宝贝，而且她得身体这么大是因为人为原因，并不是自己慢慢成长起来的。
潜龙不想让他只有一副庞大身躯，却没有什么战斗力，所以潜龙想从他的基础抓起，让他觉得自己值得拥有这样庞大身体，即便是人为原因。
接下来就是具体的分化了，潜龙大概把他们分为五种，一种是超能系的，一种是飞行系的，在一种是格斗系的，还有水系和大杂烩系的。
毕竟神奇宝贝各有所长，不能把他们放在一块训练，那样就没办法训练出潜龙想要的效果。
首先解释一下大杂烩系，大杂烩系就是不满足前面四种种任意一种的神奇宝贝都将汇聚于此。
超能系的潜龙决定让超古代胡地负责，飞行系的潜龙让巨大快龙负责，然后是格斗系的潜龙自己负责，随后水系的由梦幻负责，而大杂烩系就是有超古代耿鬼负责。
为什么会让耿鬼负责大杂烩系的，原因很简单。幽灵系的耿鬼最喜欢捉弄人和神奇宝贝，所以耿鬼肚子里就是一个大杂烩。所以潜龙让耿鬼负责大杂烩系列，因为潜龙觉得在其他神奇宝宝中没有任何一个人能圣此重任。也只有耿鬼这种什么馊主意都能想出来的，神奇宝贝才可以一压群雄。
现在是具体分化了，首先是超能系的：纱奈朵，勇吉拉，苏丽拍，吸盘魔偶，迷唇姐，呆呆兽【2】，呆河马。
飞行系；大嘴雀，比雕，大针蜂【粉红色】，飞天螳螂【2】，大嘴蝠，赤面龙【浅绿色】，快龙【大木博士赠】，烈咬陆鲨【剑太赠】，巴大蝴【粉红色】，大葱鸭，化石翼龙。
水系；巨大毒刺水母，迷你龙【白色】，巨大鲤鱼王【黄金色】，巨钳蟹，宝石海星，金鱼王，玛瑙水母，可达鸭，快泳蛙，大舌贝，铁甲贝，白海师，海刺龙，哈克龙【母】，迷你龙【子】，水精灵，化石盔【2】，镰刀盔【2】，多刺菊石兽【2】，菊石兽【2】，水箭龟，迷你龙【渡赠】，冰雪龙【子】，冰雪巨龙【母】
格斗系；怪力，火爆猴，烈焰猴，鸭嘴火龙，尼多王，尼多后，铁甲暴龙，电击怪，艾比郎，袋龙母子，雷丘，克拉克拉。【格斗系比较特殊，只要会格斗系的技能潜龙就暂时把他们放在格斗行列了。】
大杂烩系；千年耿鬼，吉利蛋，猫老大，皮克西，穿山王，君主蛇，索尼亚，由基拉，拉达，美丽花，六尾【逆进化，其实已经是九尾了】，妙蛙草【大一倍多】，耿鬼，阿伯怪，三d龙【彩虹市游戏厅】，臭臭泥，小磁怪，地鼠，风速狗【大一倍多】
，百变怪，胖可定，派拉斯，毛球，喇叭芽，烈焰马，嘟嘟利，顽皮弹，蔓藤怪，双蛋瓦斯，大甲，霸王花，3只肯泰罗，卡比兽【大一倍】，小皮卡丘，伊布【六个】，火精灵，雷精灵，波克比，百年九尾【比一般大一倍多】，熔岩蜗牛【高3米多】喵喵【会直立行走，会讲人话】，大岩蛇【高50多米】大岩蛇【高30多米】，隆隆岩。
大杂烩系虽然成员较多，但是耿鬼却把他们细细分为了7种帮派，最后由自己统一带领训练，不得不说这只耿鬼有着很高的智慧。
其中6个小帮派分别由，吉利蛋，君主蛇，风速狗，大岩蛇【50米之高】，百年九尾，猫老大他们带领各自训练。
吉利蛋带领的分别是；喵喵，皮克西，拉达，地鼠，百变怪，胖可定，嘟嘟利，肯泰罗【3】，卡比兽，伊布【6】，波可比。
君主蛇；美丽花，妙蛙草，霸王花，喇叭芽，蔓藤怪。
风速狗；六尾，烈焰马，火精灵，熔岩蜗牛。
大岩蛇；隆隆岩，穿山王，由基拉，大岩蛇。
百年九尾；阿伯怪，臭臭泥，拍拉斯，毛球，双弹瓦斯，大甲。
猫老大；小磁怪，顽皮弹，小皮卡丘，雷精灵，三d龙。
超古代神奇宝贝耿鬼也不可能不去训练队伍，耿鬼训练的神奇宝贝是第七个帮派，也是耿鬼精心挑选的一只帮派，他们由，“千年耿鬼，耿鬼，索罗亚。”组成。
安排好了一切就开始进入正轨训练状态，每天早晨神奇宝贝统一进行体能训练。所谓的体能训练就是不管是飞的、跑的、还是游的，飞到自己从空中掉下来，跑的趴在地上起不来，游的实在没力气飘在海面。
当然这个没有统一标准，不管你跑多远只要用完体力为止，虽然听起来有点残忍但是这毕竟是训练。
体能训练完之后是相互对抗，对抗是指潜龙特派的那些特殊的神奇宝贝所负责的队伍相互之间对抗，有的神奇宝贝就会找克到自己属性的对手进行对战，这也是时有发生。至于对抗到什么程度就算停止，那就是除了那几只负责的神奇宝贝外，其他的神奇宝贝最后只要有一个还有战力为止。
对抗之后彼此相互给对方上药，潜龙这样做的目的是让所有神奇宝贝对草药有个大概了解，虽然不求像吉利蛋那样精通，但是一些普通的伤口他们还是要会处理的。
上完药后神奇宝们几乎都是饥肠辘辘了，接下来的就是他们最期待的时刻，也就是开饭了。吃完饭后各自的首领带着自己的神奇宝贝队伍回去各自进行指导训练，最后晚上大家再起举行联欢会，让警惕的神经得到放松。
第二天继续昨天同样的事情，就这样潜龙和自己的神奇宝贝在那片基地训练了快三个月了。这三个月也是神奇宝贝们最开心的三个月，即便每天都是伤痕累累，他们依然开心。
这三个月中潜龙的神奇宝贝整体得到了提高，原本那些还没进化的几乎都已经进化了。【这里的几乎都里面不包括所有的神奇宝贝，毕竟还有特殊情况，或者在这三个月内进化了一次正在等待下次进化的到来。】