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如今的国防军已经占领了几省之地，广东、广西、湖南、江西四省都已经归张远征统辖的国防军治下。在张远征未来的计划中，拿下整个长江以南是迟早的事，先把南方自治政府的大旗竖起来，号召全国不满于清政府统治的人起来反抗。1860年11月11日，这是一个令人难以忘记的日子，南方自治政府正式成立，在广州召开自治会议，大会上张远征做了热情积极的演讲：“同志们，同胞们，南方自治政府就要成立了，为了建设一个崭新的中国，我们在为之努力，封建社会已经必将被历史所淘汰，我们将走一条没有人走过的路，我们没有任何经验可以借鉴，所有的一切只能靠我们自己去摸索，困难是巨大的，但我们也要有必胜的信念，改变以前的旧观念。历史告诉我们，只有破而后立，打破成规，建立新的秩序，一个全新的社会就此诞生，我们现在要走的就是这样的道路。“
“我们兴民党的宗旨就是为了建立一个人人平等的社会，今天我们在广州召开这次筹备南方自治政府的会议，为了一个共同的理想而努力，我相信未来的胜利必然属于我们。“……
大会上选举张远征为南方自治政府主席，国防军总司令，就职后，张远征开始对政府的各职能部门进行整改、优化，建立一个平等公正、民族和谐的社会是大家共同的目标，在相关的政策上必须进行改变，革出弊端，推陈出新，各政府的部门不再局限于招收男职工，而开始对女性进行开放，从各高校选拔优秀的人才，补充进入各部门。
南方自治政府成立后，各职能部门能够这么快速的运行，得益于张远征最初对教育的重视，从一开始就花费了大量的钱财对教育进行投入，每年在教育的投入几乎是整个政府财政的二分之一，也只有张远征才舍得花费一年近半的财政到教育上，人才永远是一个国家进步的基础，是一个民族强盛不衰的根本。
在广州政府的大会堂上，开始对各部门进行整治优化，不合理的将会被裁撤，符合未来发展的将会被留下，张远征走上讲台说道：“在今天我们的新政府成立了，既然我们所走的路是一条前所未有的路，我们就应当适时的提出新的规定，制定符合我们所面临的情况的计划，有些该丢的我们要坚决的丢掉。”
接下来，张远征宣布成立的新部门：“在原来的基础上，成立政务院，由杨怀方担任政务院院长，各部均归与政务院管辖，成立安全部、外交部、教育部、司法部、交通运输部、国防部、人力资源部、卫生部、商务部、水利部、文化部、民政部等职能部门，各部人员必须按部就班，坚持依法治国，自律自己，为广大人民服务。“
随着各机构的逐步完善，南方自治政府的各项工作进入正轨。各种优质的产品相继出厂，国外商品觉得竞争力，在南方自治政府的强势打压下，已经越来越低。