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中篇分为，陶埏：砖、瓦、陶瓷的制作，冶铸：金属物件的铸造，舟车：船舶、车辆的结构、制作和用途，锤锻：用锤锻方法制作铁器和铜器，燔石：石灰、煤炭等非金属矿的生产技术，膏液：植物油脂的提取方法，杀青：造纸的方法下篇分为，五金：金属的开采和冶炼，佳兵：兵器的制造方法，丹青：墨和颜料的制作，麹蘖：做酒的方法，珠玉：珠宝玉石的来源和制作。慕圣越看越觉得有趣，不由废寝忘食的看了起来。宋应星论述生命自然界万物的生成机制，将生物分为植物与动物两大类，而在生物由低级到高级的发展序列中，植物即草木之属较为基本。他将动物按发展序列再分为虫鱼、飞禽、走兽，最后是“万物之灵”的人。他认为动物是从植物演化并生成的，而植物又是从无机物演化与生成的，归根到底是通过水、火与土、木交互作用而产生。
这个说法让慕圣大为好奇，看了这本书觉得眼界都开拓了不少，当真是一本奇书，只是不知为何此书坊间却不见踪影？
宋应星在《天工开物序》中写道：“天覆地载，物数号万，而事亦因之，曲成而不遗。岂人力也哉”。大意是说，大地之间，事物以万计，通过各种变化而形成完美无缺的世界，这恐怕不全是人力所能办到的。
“形万变而不穷”，慕圣理解为有限元素以其万变无穷的结合方式构成物质世界的多样性，宇宙万物最终都由基本的五行粒子构成。
《天工开物？作咸》及《论气？气声五》都说“天有五气，以有五行”，认为水、火、土、金、木五行由相应的气而生，不是万物的最原始本原，又对五行或五气逐个分析，认为水火二气是较基本的。
宋应星在剖析水、火、土、金、木相互关系及过渡层次，即解决了“亦气亦形”这一物质过渡层次与形的物质过渡层次间相互关系及过渡之后，进一步阐述了万物生成之理。《天工开物？陶埏》指出：“水火既济而土和。万室之国，日勤千人而不足，民用亦繁矣哉。”这是说靠水火对粘土的交互作用，烧结成陶瓷，供民日用。
宋应星写道：“气从地下催腾一粒，种性小者为蓬，大者为蔽牛干霄之木，此一粒原本几何？其余皆气所化也。”草木借水、土及火质（可燃的有机肥料）而成长。
宋应星在《天工开物》中所述各种植物如稻、麦、麻、豆、桑、棉、葛、草本染料、油料植物、甘蔗、竹、构树及各种树木的种植，都是根据这一道理而进行的。他更详细叙述了将这些植物借水火及金木石的交互作用而制成植物油、糖、衣料、染料、纸张、车船等产品以及木器、榨油器、糖车、纺织机、各种农具、蒸煮锅等工具及日常用品。
虽然谷物种植主要靠水、土及金木，但没有火气配合也还不行，这里火气以日照的形式表现出来。没有阳光（阳气、火气）而阴雨（阴气、水气）绵绵，便会减产。至于谷物加工及食品制造，离开水火与金木也是不行的。由于五气的交互作用，产生出各种各样的植物及其加工制品，象无机界万物一样，供民日用，也归根到底由元气→亦形亦气→形成物质层次而生成的。
宋应星在《天工开物》中详细叙述了从动物体制成各种产品的技术。根据他的哲学观点，动物界虽然比植物界属于更高级的发展阶段，但究其物质本原仍不外是从元气、亦形亦气、形及草木这些物质层次而逐步生成、演变的，他在论述动物、植物及矿物界在构成上的物质统一性时，还谈到物质世界多样性的原因。
宋应星认为，由于水火、土、金木这些物质要素相互间作用是千变万化的，故而产生众多的物。正如宋应星在《天工开物》中所述，许多自然物通过人工作用后，又产生难以数计的、自然界本身没有的物。用他的话说便是“或假人力，或由天造”（《作咸？盐产》）。
他在阐述从最根本的元气，经过亦气亦形及成形，再逐步过渡到无机世界和生命自然界时，为我们提供了一幅万物生成与演变的图景，其基本过渡层次为：元气→水火→土→金木→无生物→草木（生物）→动物（高级生物）。其中最关键的一步，是从无生物到生物这一质的转化。
宋应星在发展万物生成及演变的自然哲学时，把他的哲理与科学技术紧密结合起来，用《天工开物》中所述三十多种技术过程的实例来支持并解释他的哲学思想。
篇尾提到那俱机械巨狼和机器人，都是宋应星做的比较满意的作品，尤其是机器人，是宋应星在解刨尸体琢磨良久后，特意制作出来的，像行具备与真人无异，文末道：“某以卑贱凡人之躯，而学天工开造之物。更纵横天下，争锋江湖，收豪杰，揽英雄，内平叛逆，外御强仇，挽狂澜于既倒，扶大厦于将倾，惜乎天不假年，百载难期。白云苍狗，倏忽而逝，卒赍其志，君子所尤痛心也……”
慕圣看了如遭电击，心头万般佩服：“这位机敏百出的大神，竟然是位凡人，他是凡人啊！但凡人怎么会对五行的原理研究的这么透彻，创造的东西简直是神乎其技！”
慕圣接着看到：“不能修行始终是某之遗憾，若能在机器人身上像修行之人一般附上神识，则此机器人可像真人一般思考，岂非快哉！现在只能依靠符箓之力进行驱动，岂非可惜！可叹！”
“什么这机器人还能靠符箓驱动？”慕圣大吃一惊，这不啻是个惊喜，但慕圣又仔仔细细的看了一遍《天工开物》却并没有发现机器人是使用的什么符箓，只得暂时罢了。