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黑羽快斗从那里得到了答案，心情相当激动的走了。接下来的对决中，黑羽快斗偷到了研究资料，灰原哀得到资料后发动日月神教里所有的科学家立即着手研究解药。
在一次意外中，毛利兰从琴酒的口中知道了柯南就是工藤新一这个事实，然后……柯南，不，工藤新一被虐的很惨啊有木有！
夏莉、尤菲白凌薇和白点点四人没心没肺的四处游玩，时不时的还一个不小心给黑暗组织制造了那么几个意外！
鲁鲁修、L、服部平次和夜神月、琴酒等人对智商比枪法啥的，时有输赢！
一次又一次的对决，最终，就快结束了……
“云飞！在哪呢？回来带我们离开了！”尤菲有点抱怨的说道。
“不好意思呢！出了点事！办好了我就来了啊！”
“你在干什么？”
“没什么啊！帮一个朋友的忙啊！好了，不说了，拜～～～”白云飞挂了电话，拿出PSP，变成了一个骑士腰带，“妈蛋！劳资绝对被把妹手附身了，运气这么差！牙王和死郎（牙王是《假面骑士电王》第一部剧场版的BOSS，死郎是《假面骑士电王》第三部剧场版的BOSS）这两货竟然联手了！”
“sbdbi.u.si（中间的“.”符号代表空格，无视就好）！sbdbi.u.si！sbdbi.u.si！”腰带发出声音后白云飞拿出一枚戒指带上。
“变身！”带上戒指的手向腰上的腰带触摸了一下。
“F.ps.HiHiHiHiHi(Hi不是英文中的你好，而是日文火的发音)！”白云飞此时已经变成了假面骑士izr的火焰形态。
“喂！你不是说你不是假面骑士吗？”被桃塔罗斯附身的野上良太郎说道。
“我有吗？”
“绝对有！”四周的人同时说道。
“咳咳！表在意这些细节，在意的话你就输了！”
“你到底是什么人？”牙王看着白云飞和门失士（这货是假面骑士DECADE）。
白云飞和门失士耸了耸肩，异口同声道:“通りすがりの仮面ライダーだ，覚えておけ（我只是一个路过的假面骑士而已，你给我记好了）！”
“你干嘛用我台词！”门失士看着白云飞，白云飞耸了耸肩，“说别人的台词让人无话可说！”
门失士:“……”
柯南世界……
江户川文代又一次来到毛利侦探所?,?说要带柯南去游乐园。柯南以为又是自己的妈妈所扮?,?便不加怀疑的跟上了文代的车。
但在车上柯南却被江户川文代用手枪控制。原来她是真正的江户川文代，黑衣组织的人?,?柯南的身份已经被组织完全发现了?!
柯南在慌张中还是利用麻醉枪射中了伪装成文代的敌人?,?在车子冲下大桥前逃脱?,?往阿笠博士家奔去。
与此同时琴酒从学校绑架了少年侦探团?,?并威胁小哀交出她研究?APTX4869?解毒药的数据资料。小哀为了救大家把资料给了组织?,?并被琴酒押上了车。
而琴酒在开走前却暗中告诉Vd在他离开之后就杀死少年侦探团所有人。
在Vd要枪杀少年侦探团时?,?尤菲和白凌薇、白点点再一次“意外”的破坏了他们的计划。但Vd还是逃走了。并说组织在等着工藤新一、鲁鲁修和L的大驾光临。
柯南来到博士家用追踪眼镜找到了小哀的下落。于是留下了一张写明一切的磁盘让博士转交给兰?,?决定自己去面对黑色组织。
阿笠博士来到了毛利家。当阿笠博士正想告诉小五郎和兰现在的状况时?,?却发现坐在侦探所客厅里的毛利呈现出沉睡的小五郎的姿势?!?而毛利面前的笔记本上写着「工藤新一」「柯南」「黑衣组织」等等……
原来毛利小五郎早就怀疑了柯南?,?每次都配合扮演沉睡的角色就是为了调查出柯南的真实身份和整个事件。小五郎在沉睡般的深思中展现出他真正的实力?,?通过柯南留下的磁盘资料推理出了黑衣组织的所在。
而这时在米花町?,?放学回家的兰在门口意外的听见了小五郎和阿笠博士的对话?,?终于确定了柯南就是新一?!?兰在泪水中决意要以性命为赌注?,?为救回新一与黑衣组织绝一死战?!
在这些事情发生的时候，日月神教就像凭空消失了般，除了偶尔有几个人出来好好破坏，根本就没有任何消息！
黑暗组织有了小哀的数据和配合。两小时之后?,?组织的药物数据计算终于就可以完成。也就是传说中的“同时成为上帝和魔鬼，让时间倒转?,?死人复活”的药物的完成了。
在世界的另一边?,?工藤优作和美希子也收到了博士的消息。优作第一次让美希子进入了他的密室?,?原来这里就是工藤优作独自对抗黑衣组织的总部。而小说家不过是个用来收集资料的幌子。
工藤优作和美希子明白决战的时刻已经来临。收拾装备之时?,?前门突然出现了意外的访客——目暮警官。
目暮警官撕下自己脸上的伪装。优作惊讶的发现到来的客人居然是自己从学生时代便结交的死党?,?自己还当了他儿子的教父?!
他就是曾经扬名世界的伟大魔术家——黑羽盗一?!
优作看见?10?年前被黑暗组织杀害的老朋友非常吃惊。而黑羽开门见山的告诉优作?,?自己这十年也一直在独自对着抗黑衣组织。方式就是让自己的儿子黑羽快斗在世界范围内寻找一块特殊的宝石。而就在今天快斗却给他发来了代表最后决战的消息?:?关于宝石、妹妹、日月神教、黑暗组织以及人类的未来。他这才以黑羽的身份重新回到人间?!?而他的儿子也被人称为平成的亚森罗宾。优作这才恍然大悟?,?原来自己的教子就是怪盗基德?!
柯南在傍晚来到了东京塔下?,?东京世界博览会正在这里召开。原来黑衣组织的本部就是东京的中心?!?柯南骗过了警卫进入了地下室的暗门。
这里是另外一个地下王国。柯南利用L交给他的电脑在警卫房间里侵入了黑衣组织的电脑中枢?,?正在向外传播加密数据时?,?柯南意外的被人从后面击昏?,?那个人居然又是Gi。
得到部份数据的L将大家所拥有的信息整理到了一起?,?和鲁鲁修一起推理出了惊天的结论?:?复活希特勒，引发第三次世.界.大.战！
而美国也早有察觉了这一点?,?并且指使?FBI?特工暗中介入，试图阻止他们。
当分析出这一结论之时?,?L的车子已经开到了东京塔下。
L和鲁鲁修闯入了组织内部?,?L在组织训练杀手的道场用空手道打败了一群职业杀手。就在两人放松之时?,?总教练出现了?,?居然是日本空手道冠军风间仁。L被打败了?,鲁鲁修……体力不过关。?但跟踪而至的兰却跳了出来，世界冠军的实力直接完虐风间仁。
日月神教众人神秘般的包围了基地，就在琴酒准备杀死小哀和柯南的时候，板蓝根一箭射穿了重重防护直中琴酒的心脏！
原来是因为APTX4869的解药有个重要部分只有黑暗组织才有，所以设了一个局，把组织隐藏在幕后，然后让灰原哀现身故意被抓住，他们肯定会让小哀制出解药，当解药完成之时，就是大部队入侵之时！
一切都结束了……基地在太阳升起的时候爆炸了。夜神月到死都认为自己是对的，只有引起世.界.大.战，让世界回归原始，这样的世界才没有罪恶！
没有人说他到底是对是错，反正他已经挂了！真正的挂了！
柯南……不，工藤新一坐在了海边见那种比太阳还要耀眼的光芒?,?暗想?:江户川柯南已经不存在在这个世界了。他去了属于他的世界。而我……
他转过头看见立在身后泪水莹莹的兰。“终于实现了?,?我们的约定?！”新一把兰紧紧的抱在怀里?,?很久很久。
新一突然看见站在远处朝霞里的少年侦探团?,?他习惯性的想跑过去和大家一起?,?但脚步又突然停住。新一缓缓的转过身去?,?用只有自己能听见的声音说?:“大家?,?再见了。”?他慢慢的往另一边的人群中走去?,?没有回头?,?咬紧牙齿泪水居然都忍不住模糊了眼睛。一颗很大的泪珠突然滑落?,?之后更多的泪水紧随其后落下。
最后，新一听见步美的声音?:“再见了?,?柯南同学?。”
“呜呜呜～～～好感人的说！”白芷非常夸张的拿着手帕擦着脸上压根不存在的眼泪。
“你……就是我的女儿？”黑羽盗一看着板蓝根。
“大叔！别乱说啊！我可是会翻脸的啊！”
“没错！她是你女儿！”吃着披萨走了过来。
“教主夫人……你开玩笑的吧！”
“没有！”吃完手中的披萨，看着板蓝根，表情极其严肃，“黑羽千影！”
“到！”
“代号！职位！”
“日月神教中药组组长代号板蓝根！”
“那好！板蓝根听令！”板蓝根单膝跪地，态度虔诚。只听接着说道:“从今天开始，你便是日月神教第二任教主！”
“……教主夫人！你开玩笑吧！先说这大叔是我爸，现在有让我当教主，今天不是愚人节啊喂！”
“第一:他真是你老爸，黑羽快斗就是你哥！第二:让你当教主是白云飞说的，谁让他是第一任教主！”
四周的人们正处于惊讶的状态，恢复不能！
呜呜呜～～～
一阵火车的声响从天上传来，听到后拍了拍黑羽千影的肩膀，“好好干吧！我看好你呦！”
D－Lir停在半空中，等人上了车后就走了！
我眼睛绝对瞎了！除了白芷、黑羽千影几人，其他人的心中都是这个想法！
D－Lir上，白云飞再一次和车长大眼瞪小眼。
“我说～～～顺道送我回去会死啊！”
“这是时间列车，不是时空列车！”
“你这不是穿越时空了吗？”
“这是意外！”
“……意外你妹！”白云飞表示自己绝对怒气冲天了！(我的小说《这个魔尊不一般》将在官方微信平台上有更多新鲜内容哦，同时还有100%抽奖大礼送给大家！现在就开启微信，点击右上方“+”号“添加朋友”，搜索公众号“qdrd”并关注，速度抓紧啦！)