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时间过得飞快，一年过去了，日月神教和黑暗组织斗来斗去的，各有输赢。最让不爽的是，黑暗组织的现任首领每次都只让手下带录音过来啊有木有，连个样子都没有啊！而另一边，L等人和基拉的较量越来越激烈，白云飞如果不是被叫去帮忙，估计也要横插一脚了，用笔记杀人很带感啊有木有！
一年过去了，在L和服部等人的努力下，夜神月终于被送上了死刑台……
弥海砂是青少年杂志的模特儿，一个由于父母被强.盗（以后中间有个“.”符号的，无视符号，因为不这样有些词语会被和谐的说）杀害却是KIRA惩罚了那个强.盗的而因此爱上KIRA的艺人。
巧合下弥海砂也得到了一本《DN》，成为了第二个KIRA。弥海砂和月不同，死神的眼睛（1/2寿命），死神雷姆的帮助（答应死去的死神要照顾弥海砂的死神），出色的外表但是笨笨的大脑。她还算顺利地找到月，而且还对月一见钟情，不顾一切想要帮助月除掉L。
月呢？也算过分，如此不信任别人还会答应接受帮助，代价是接受她当自己的女友(你之前的女友还没死多久吧)。想要轻易杀死L，为什么不向琉克换取死神之眼呢？
直到弥海砂和月被监禁，弥海砂和月宣布放弃笔记后，关于《DN》的记忆被消除，这样没有负担，轻松自由的日子不是很好么？然而事实上却是月一步一步计划好的！！
死神雷姆把笔记交给了高田清美，这个女人长期受到压迫，自然有机会就要好好的报仇一番拉，不过是个小角色而已。
在月的精心推测下，高田清美很快就浮出了水面，这孩子也实在厉害，能力不用在正道上，可惜了！
设计抓捕高田清美，由于触碰到《DN》，记忆回来了，打开手表的夹层用那里面的一小张**纸片杀死了高田清美，重新获得对《DN》的使用权，月隐瞒并继续呆在特别调查小组中，指使弥海砂挖出当初埋起来了的属于的琉克笔记，海砂想起了一切，再次与琉克交换了死神眼睛（1／4寿命）。
怎么有这么傻的女人啊？！
特别调查小组盘桓于月加上去的“使用过笔记的人间隔13日以上不杀人就会死”的假规则中，死神雷姆居然会说谎？！
L曾经十分肯定月是第一KIRA，弥海砂是第二KIRA，但两人的囚禁期都超过了13天却都没有死。L开始怀疑这条规则的真实性，让月爸爸携一张笔记纸去美国找两个犯人做实验。
白云飞觉得无语，何必跑那么大老远，难道日本一个犯人都没啦？
月要一同前往，被L阻止。此时，调查总部只剩下月和L了。L坚信自己推理的正确，断定海砂前往总部时必定会携带**并利用与L见面的大好机会再次看出L的真名、杀死L。
L跟月说即使证据不足也要将第二KIRA——弥海砂拘捕，而月也似乎同意了。雷姆无能为力，为了救海砂它在自己随身携带的笔记上写下渡与L的真名后化为了沙子。正带着海砂前往调查总部的渡死在了路上，L也从转椅上摔下来倒在了月的脚下。
月与海砂会合后，竟然在《DN》上写下了他亲生老爸——夜神总一郎的名字，更瞎的是还有具体死的时间。海砂眼见这一幕，也难以接受地流泪了，这丫头本性应该不坏吧，月爸爸赶回总部时月和海砂坐在一宽敞的假复式大厅等候。
月对老爸说了一大堆废话，可是令人惊讶的是月爸爸并未按时倒地身亡？！原来一切都是L安排好的计划，真相大白，第一KIRA就是夜神月。
在二楼伏击的调查小组成员出动，制服了弥海砂，并把手枪一齐指向月。这时，楼梯上突然出现了L，惊疑不定的月解释了一切：L早就把收缴来的真笔记藏了起来，月写上总一郎名字的那本其实是赝品。而L亲手在真笔记上写下了“LLi23天之后安详地死去。”
由于笔记有“不能用笔记杀死寿命只剩20天的人”的使用规则，所以雷姆不能杀死L，L诈死；L以自己的生命为代价，亲手把KIRA——夜神月送上了死刑台。月又想利用手表中的纸杀人，但被松田一枪把手表打烂了；想要逃开时，被击中左腿。月疯狂地要求琉克替他杀死在场的所有人，当然除了他自己，但是琉克却在笔记上写下了“夜神月”三个字，他说“因为你实在太坏了”。
40秒后月开始发病，总一郎情不自禁地跑上去紧紧抱住了爱恨交集的儿子。一切结束了！
L蹲在房间里边吃巧克力边摆弄着曾经和月下过的那盘国际象棋，难道他在想念月么？月爸爸进来了，L让总一郎告诉其妻女月是在与KIRA之战中“英勇牺牲”的。L说自己无父无母，但从总一郎的所作所为中感到了伟大父亲的力量。L又说在“最后的时间”里希望能自己独处，总一郎表达了对L的尊敬并对L的背影敬了个军礼后走出了房间。
L继续蹲坐着吃巧克力，直到那只拿巧克力的手无力地垂下，落在沙发上渡的遗照旁边（作者表示以前看到这的时候哭了）。
现在月已经死了一年，妈妈和妹妹在家为他做生日蛋糕，月妈妈想起月小时候总是把自己的生日蜡烛让给妆裕吹，感叹月真是个善良的孩子……
天下雪了，妆裕去给总一郎送伞，两父女雪中谈论起月的“牺牲”，月爸爸的耐力也太强了吧，能够把这个天大的秘密守在心中！！
海砂在房间里发呆，想着月，却似乎忘记了与月相处的某些很重要的往事。难道你只记得和月的爱了么？不对他对你有爱么？
窗外的东京塔，怪笑阵阵。死神琉克飞来飞去。他也许才是最后的赢家吧。现在它应该有3本《DN》了。
时间回到二十天前，这一天，夜神月已经死了三天了。
铃木高塔……
被铃木园子叫来参观的白云飞等人看着外面的景色，认真的观赏着。
“L，只有二十天寿命的你还有什么遗憾没有！”白云飞问道。
“黑暗组织！”
“还在想着抓住他们啊！”白云飞拍了拍L肩膀，“不想想怎么能够不死接着谈恋爱结婚吗？”
“不想！”
“……”
这时，看着风景的板蓝根突然打开背上的大包，拿出一张弓。张弓……搭剑……然后对着对面的大楼一箭射出。同时，在对面大楼的楼顶，一个人拿着阻击枪，对着……开枪了！
阻击枪的子弹和弓箭相撞，不科学的事发生了，一箭一弹竟然在半空中相撞，然后同时掉了下去……
游客们散的散跑的跑，阿笠博士保护着孩子们，鲁鲁修保护着夏利，柯南向阿笠博士要了车钥匙就下去了。L则非常淡定的看着对面，笑话，《死.亡.笔.记》要杀的人，时间未到怎么可能会被尔等渣渣杀死啊！
白云飞看向对面大楼，嘴角一翘，好你个黑暗组织，开始玩真的是吧！那么……先跟你们说声……拜拜啦！
（妈蛋，原本打算看一遍《死.亡.笔.记》的说，我擦，我才发现被禁了！我咧个去，禁你妈啊！好多好玩的动漫和电影都被禁了，你TMD让我们看啥？中国出的垃圾动漫吗？《死.亡.笔.记》好多剧情都记不得了，而且真人版和动漫都被禁了，算了，这一卷我打算烂尾了，对不起大家了！）